南麂列岛生物圈保护区位于浙江省平阳县东南海域，面积20106公顷。海城面积19071公顷。 南麂列岛由33个海岛、14个暗礁、21个干出礁、55个明礁组成,平均海拔约70～80m,最高峰海拔229.1m。最大岛为南麂岛，面积约720公顷，海岸线长30.9公里，以基岩海岸为主，有少量砂砾质和淤泥质岸滩。 属亚热带海洋季风气候区。气候年均温16.5℃，2月均温6.6℃，8月均温26.2℃，全年无霜；年降水量1164.2毫米，主要降于春夏时期。列岛年平均风速为6.7米/秒，影响本区的台风平均每年为2.5次。 区内海域为黑潮暖流的北支流台湾暖流及江浙沿岸流交汇和交替消长的区域。夏半年受台湾暖流影响，海水盐度高，平均为3.051%；冬半年受江浙沿岸流影响，盐度较低。表层海水年均温18.9℃，8月均温27.7℃，2月均温9.6℃。海水水质含量大多低于一类海水标准。